Suite à la destruction du Califat abbasside à Bagdad et la défaite des Mongols à Aïn-Jâlout, le 2ème Sultan mamelouk, Adh-Dhahîr Baybars, invita la famille abbasside à s’installer au Caire. Un flux de savants, venant de l’Est et de l’ouest, a accompagné ce mouvement.
Sous le règne des Mamelouks, Al-Azhar fut rénové et agrandi et il devint le premier centre intellectuel musulman. Le Sultan Baybars tint un conseil de savants et de notables au cours duquel l’assistance prêta serment d’allégeance au Califat abbasside représenté alors par Ahmed ibn Al-imam Adh-Dhakir bi Amrillah surnommé Al-Moustancir billah qui échappa aux Mongols. Le nouveau Calife confirma Baybars dans la fonction de Sultan. Il convient de noter que le Calife abbasside était investi d’un simple pouvoir symbolique, limité à quelques cérémonies religieuses. Le Califat s’est poursuivi en Egypte jusqu’à la chute des Mamelouks provoquée par les Ottomans en 1517.
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